Die Ermittlungsbehörden sind den Phantomdieben dicht auf den Fersen. Makotos Schwester, Sae Nijima, zieht alle Register, um den Fall schnell abzuschließen. Sogar an die Schule kommen Ermittler und fragen die gesamte Schülerschaft einzeln aus, um den Tätern näher zu kommen. Und dann wird sogar öffentlich ...
Nach dem langen und anstrengenden Kampf gegen Okumura treffen Akira und Morgana auf Yoshizawa im neu gebauten Stadion. Der Sportlerin setzt der Druck, der durch ihre Sonderförderung entsteht, immer weiter zu. Plötzlich finden die drei sich in einem merkwürdigen Palast wieder, in dem auch Yoshizawas Persona ...
Kaum zurück von der Klassenfahrt, werden die Phantomdiebe mit einer schrecklichen Nachricht konfrontiert: Schuldirektor Kobayakawa ist tot. Angeblich hat er sich das Leben genommen, aber Staatsanwältin Sae zweifelt an dieser Version. Sie und Akechi beginnen zunehmend, die Phantomdiebe zu verdächtigen ...
Die Phantomdiebe stellen sich dem Monster in Futabas Palast: einer Manifestation der Lügen und Wünsche bezüglich deren Mutter. Aber um diese besiegen zu könenn, sind sie darauf angewiesen, dass Futaba ihre psychischen Widerstände überwindet.
Eigentlich wollte Akira Kurusu nur einer Frau in Not helfen, doch stattdessen wird ihm eine Straftat angehängt, die er nie begangen hat. Als vorbestrafter Jugendlicher muss er an die Shujin-Akademie im Herzen Tokyos wechseln. Doch dort gehen seltsame Dinge vor sich, und schon bald findet er sich statt ...
Futabas Palast hat die Form einer Pyramide – ein Ort voller Fallen, Rätsel und Gefahren für die Phantomdiebe! Doch einige der Rätsel enthüllen mehr über Futabas Vergangenheit und den Grund für ihre psychischen Probleme. Doch die Zeit drängt, denn die Hackergruppe hat den Phantomdieben einen Countdown ...
Die Phantomdiebe feiern ihren Sieg über Kaneshiro bei einem Feuerwerksfest. Doch die Freude hält nicht lange an, denn die internationale Hackergruppe Medjed hat es auf die Streiter für die Gerechtigkeit abgesehen. Daraufhin wird Akira von einer mysteriösen Person namens Alibaba kontaktiert, welche seine ...
Nachdem auch Makotos Persona erwacht ist, wird sie von den Phantomdieben zur Strategin der Gruppe auserkoren. Gemeinsam infiltrieren sie Kaneshiros Gedankenpalast und müssen dabei feststellen, dass dieser seinen Schatz durch einen gigantischen Safe gesichert hat. Nun kommt es auf das neue Teammitglied ...
Nach dem Fernsehauftritt von Akechi überlegen die Phantomdiebe, wie sie der Welt ihre Gerechtigkeit besser nahebringen können. Da meldet sich die Journalistin Ichiko Ohya und versucht, mit ihnen Kontakt aufzunehmen. Makoto bekommt unterdessen in der Schule Hinweise darauf, dass Schüler in Straftaten ...
Madarame eröffnet Yusuke die tragische Wahrheit über die „Sayuri“. In Wahrheit handelt es sich um ein Selbstporträt von Yusukes Mutter, die Madarame eiskalt hat sterben lassen. Es kommt zum großen Kampf zwischen dem Kunstfälscher und den Phantomdieben. Doch Madarame hat noch ein paar schmutzige Tricks ...